Schutzkleidung war angesagt bei dieser ersten Pyrenäenetappe. Auf dem Gipfel des Col du Portillon hüllten sich die Zuschauer in Regenjacken, Plastikhüllen und alles, was greifbar war, um sich gegen den plötzlich ausgebrochenen Platzregen zu schützen. Das Peloton hatte später nur mit der nassen Abfahrt herunter ins Ziel nach Bagneres-de-Luchon zu kämpfen. Vorher allerdings waren die Profis Opfer eines Pfeffersprayeinsatzes der Polizei geworden - und hätten sicher gern spritzdicht abschließende Masken gehabt.
Das Rennen selbst wurde längere Zeit beherrscht vom Duell der beiden Franzosen Warren Barguil und Julian Alaphilippe um das Bergtrikot. Barguil, der Herausforderer, holte sich den ersten Punkt. Alaphilippe konterte mit vier Punkten gegenüber Barguil mit lediglich zwei. Der Quick Step-Profi zog dann mit zehn weiteren Punkten am Col de la Menté Barguil für diesen Tag endgültig davon. Fortunoeo-Profi Barguil war allerdings auch durch einen Sturz in der Abfahrt beeinträchtigt.
Beide Fahrer waren Teil einer 47 Mann starken Fluchtgruppe, die sich nach dem Zwischenfall mit protestierenden Bauern gebildet hatte. Am letzten Anstieg setzte sich ein Trio mit dem Italiener Domenico Pozzovivo (Bahrain) und den beiden Niederländern Bauke Mollema (Trek) und Robert Gesink (Lotto Jumbo) heraus. Verfolgt wurden sie von einem Dutzend anderer Fahrer, während das Hauptfeld, angeführt von Sky, lange Zeit im Sicherheitsabstand von zehn Minuten dahinter hielt. Dies war schlau, denn die Konkurrenten hatten zahlreiche Helfer vorn platziert. Der letztjährige Tourdritte Romain Bardet hatte drei seiner Teamkollegen, die Teams von Mikel Landa, Nairo Quintana und Tom Dumoulin waren ebenfalls mit drei Fahrern vorn. Gesink, der lange um den Etappensieg mitfuhr, hätte zur Not für sein Kapitäne Primoz Roglic und Steven Kruijswijk zurückgerufen werden können.
Auf dem finalen Anstieg sortierten sich die Gruppen vorn immer wieder neu. Der Brite Adam Yates schloss mit Bergkönig Alaphilippe zum Trio auf - und setzte sich schließlich ab. Der Mitchelton-Profi war in diese Tour mit Klassementambitionen gestartet, vor den Pyrenäen aber schon aussichtslos zurückgefallen. Den Etappensieg strebte der beste Jungprofi der Tour 2016 nun als Entschädigung an. Den Col du Portillon erreichte er auch als Erster mit 22 Sekunden Vorsprung. In der Abfahrt stürzte er aber und musste Alaphilippe passieren lassen. Nach der ersten Alpenetappe dieser Tour holte sich der Franzose auch den Auftakt in den Pyrenäen. Dass ihm das im Bergtrikot gelang, verschaffte dem Sieg zusätzliche Süße. Zweiter wurde Bahrain-Profi Gorka Izaguirre, Dritter nur der gestürzte Yates. »Es war ein langer schwerer Tag heute, ich habe viel Kraft in der Gruppe gelassen. Es tut mir natürlich leid um Yates, aber auch ich bin mit viel Risiko in die Kurven gegangen«, meinte Alaphilippe im Ziel.
In der Favoritengruppe setzte zuerst Jakob Fuglsang eine Attacke. Der Däne gewann 20 Meter, wurde dann aber zurückgeholt. Kurz vor der Kuppe versuchte sich der Baske Mikel Landa und schoss vor dem Sky-Zug in die Abfahrt hinein. Lange konnte er sich nicht an der Solofahrt erfreuen. Die Attacken waren damit beendet. Sky manövrierte sicher um die feuchten Kehren und geht auf den Positionen eins und zwei in den heutigen, nur 65 Kilometer langen, Bergsprint hinein.